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Le microbiote acteur clé de notre santé

Depuis la nuit des temps, nous vivons en coévolution avec certains organismes entrainant des relations symbiotiques à travers lesquelles le microbiote contribue à de nombreux processus physiologiques. Depuis peu, l’avancement technologique a permis d’y voir plus clair et a déclenché un intérêt grandissant pour la compréhension de la relation entre notre organisme et le microbiote.
Mais qu’appelle-t-on microbiote ? Où se trouve-t-il ? Quel est son rôle ? De quelle manière agit-il sur notre santé ? Comment en prendre soin ? Dans cet article, nous allons essayer de répondre à ces nombreuses questions que beaucoup de personnes se posent.

L’histoire de notre microbiote

L’étude de notre microbiote démarre au début du 20ème siècle lorsqu’Elie Metchnikov (élève de Pasteur) décide de s’intéresser aux propriétés des bactéries présentes dans nos intestins.

Dans les années 90, les scientifiques mettent en évidence qu’il existe dans la paroi intestinale tout un ensemble de fibres nerveuses, constituant le système entérique, en relation continuelle avec le système nerveux central : le « 2èmecerveau ».

Mais il faudra attendre 2006 et la révolution de la métagénomique (étude du contenu génétique) pour enfin établir le catalogue des différentes bactéries dans nos intestins. C’est à la lumière de ces données que l’on a réellement saisi la diversité et la richesse des fonctions portées par le microbiote.

Composition et développement du microbiote intestinal

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, champignons, archées, virus, protozoaires) vivant dans un environnement spécifiques. Chez l’Homme, il a colonisé les poumons, la peau, les parties génitales… et surtout l’intestin.

Le microbiote intestinal (anciennement appelé « flore intestinale ») est le plus étudié. Le tractus gastro-intestinal humain abrite de 10 à 100 trillions de bactéries, contenant de 500 à 1500 espèces différentes et dominées par deux phyla bactériens majeurs, les Firmicutes et les Bacteriodetes qui constituent 90 % de la population total. La densité de ces micro-organismes est minimale dans l’estomac (milieu acide) et maximale dans le colon.

La colonisation est une période clé. De la naissance jusqu’à l’âge de 2-3 ans, le microbiote va se construire. Tout d’abord la mère va transmettre lors de l’accouchement, via sa flore vaginale, les premières bactéries. Puis l’entourage, l’environnement et surtout l’alimentation viendront embellir la diversité bactérienne pour atteindre sa phase de maturité. A l’âge adulte, le microbiote évolue très peu. C’est après 65 ans qu’il va de nouveau évoluer.

Fonctions du microbiote intestinal

Même si le microbiote intestinal est différent d’un individu à l’autre, il exerce trois fonctions majeures essentielles au maintien de la santé de l’hôte.

Effet barrière

Le microbiote intestinal contribue à nous protéger contre les agents pathogènes par l’effet barrière. A la surface de l’épithélium intestinal, les bactéries commensales vont former un film protecteur afin d’empêcher les mauvaises bactéries d’y adhérer.

Développement du système immunitaire

Il existe un réel « dialogue » entre les bactéries et le système immunitaire dès la naissance. Le microbiote intestinal joue un rôle fondamental dans le développement de la maturation du système immunitaire et dans la stimulation des lymphocytes (60-80% de nos cellules immunitaires sont concentrées dans l’intestin). Il participe donc au maintien de l’homéostasie intestinal.

Fonctions métaboliques

Le microbiote intestinal va participer à la digestion des aliments. Les fibres alimentaires non digérées dans le tractus digestif supérieur vont venir nourrir les bactéries et générer la production d’une diversité de métabolites qui sont pour la plupart absorbés et utilisés par l’hôte comme les Acides Gras à Chaine Court (AGCC) que sont l’acétate, le butyrate ou encore le propionate, mais également certaines vitamines comme la vitamine K, B12 et B8.

5 conseils naturopathiques pour chouchouter votre microbiote

Au cours de sa formation, le Naturopathe de Bases Scientifiques (NBS) va acquérir les connaissances nécessaires sur le microbiote intestinal de manière à vous accompagner dans le maintien de son équilibre (eubiose). Le déséquilibre des populations du microbiote (dysbiose) a des conséquences fonctionnelles importantes et est impliqué dans de nombreuses pathologies digestives telles que les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI), le cancer colorectal, ou encore des maladies métaboliques comme l’obésité ou le diabète de type 2.

L’alimentation joue un rôle clé dans le maintien de cet équilibre et sa diversité. Le NBS pourra vous conseiller afin de soutenir votre microbiote intestinal. Voici les 5 conseils majeurs :

  1. Choisir et intégrer dans votre alimentation quotidienne des aliments riches en probiotiques tels que les aliments fermentés : kéfir de fruits ou de lait, choucroute, kombucha, yaourt, fruits et légumes marinés, condiments fermentés, etc.
  2. Optez pour des aliments pauvres en glucides et riches en bonnes graisses
  3. Consommez des aliments riches en polyphénols qui vont favoriser la diversité microbienne intestinale : les fruits et légumes et toutes les boissons à base de plantes tels que le chocolat, le thé, le café, le vin etc.
  4. Choisir des aliments riches en prébiotiques, ces ingrédients dont les bactéries intestinales raffolent, qui assurent leur croissance et leur activité : gomme d’acacia, chicorée, topinambour, feuilles de pissenlit, ail cru, oignon cru ou cuit, poireau, légumineuses, etc.
  5. Buvez de l’eau de qualité. L’eau du robinet doit être filtrée car elle contient certaines substances chimiques comme le chlore qui perturbent les bactéries intestinales.

Sources :

  • Landman C, Quévrain E. Le microbiote intestinal : description, rôle et implication physiopathologique. Rev Med Interne. 2016 Jun;37(6):418-23. French. doi: 10.1016/j.revmed.2015.12.012. Epub 2015 Dec 31. PMID: 26749318.
  • Milani C et al. The First Microbial Colonizers of the Human Gut: Composition, Activities, and Health Implications of the Infant Gut Microbiota. Microbiol Mol Biol Rev. 2017 Nov 8;81(4):e00036-17. doi: 10.1128/MMBR.00036-17. PMID: 29118049; PMCID: PMC5706746.
  • Gérard P. et Benalier-Donadille A. (2009) Les fonctions majeures du microbiote intestinal. Cah Nutr Diét 42: 28-36.
  • Patterson E et al. Gut microbiota, obesity and diabetes. Postgrad Med J. 2016 May;92(1087):286-300. doi: 10.1136/postgradmedj-2015-133285. Epub 2016 Feb 24. PMID: 26912499.
  • Perlmutter D., L’intestin au secours du cerveau. Edition Marabout (2016)